继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
皮尔斯·布鲁斯南 梅利莎·乔治 安娜贝丝·吉什 阿尼卡·诺尼·罗斯 马特·弗里沃 杰森·普雷斯利 凯特琳·卡迈克尔 彼得·麦克内尔 威廉·沙勒特 黛博拉·艾伦 Gary Levert Joel Freckelton Geordie Brown
杰夫·丹尼尔斯 布莱丹·格里森 霍利·亨特 迈克尔·凯利 詹妮弗·艾莉 斯科特·麦克纳里 达尔默·阿泽德 达约·阿德 维奥莱特·布林森 彼德·考约特 诺维·爱德华兹 吉恩·法贝尔 西恩·加拉赫 David Ingram 乔·洛·特鲁格里奥 艾米·西米茨 安德鲁·爱尔莱 乔纳森·班克斯 金斯利·本-阿迪尔 奥娜·卓别林 布莱恩·达西·詹姆斯 肖恩·多伊尔 斯宾塞·加雷特 詹姆斯·吉尔伯特 德里克·赫德 T·R·奈特 Christina Notto 史蒂文·帕斯奎尔 德尔菲娜·鲁塞尔